Hưởng ứng chủ trương nêu trên, đã có 26 doanh nghiệp đăng ký thuê đất (lấp đầy 100% diện tích đất cho thuê sản xuất) để thực hiện dự án trong CCN. Đi đôi với sự phát triển của các doanh nghiệp trong CCN thì công tác xử lý môi trường phải được đặt lên hàng đầu, đặc biệt là vấn đề xử lý nước thải. Từ cuối năm 2007, Công ty Cổ phần Phát triển Công nghệ & Tư vấn Đầu tư Đà Nẵng - một doanh nghiệp có thâm niên và năng lực trong việc xây dựng hệ thống xử lý nước thải - đã trúng thầu xây dựng Trạm xử lý nước thải CCN Diên Phú.

Là công trình có vốn đầu tư gần 7,5 tỷ đồng với công suất xử lý thiết kế 1.500m3/ngày.đêm; áp dụng công nghệ tiên tiến (phương pháp hóa - lý kết hợp với xử lý vi sinh), nước thải được dẫn qua hệ thống xử lý gồm 13 bể. Phần lớn mọi công đoạn được tự động hóa, tất cả hoạt động của các thiết bị đều được theo dõi và xử lý trên màn hình vi tính thông qua các sensor (đầu dò cảm ứng). Nước thải sau khi xử lý đạt loại A theo QCVN 40:2011/BTNMT - Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về xử lý nước thải công nghiệp - trước khi xả vào môi trường tiếp nhận.

Đến thời điểm hiện nay, Trạm xử lý nước thải CCN Diên Phú đã hoàn tất đầu tư và đang chờ các cấp thẩm quyền thẩm định cấp phép xả thải cũng như ban hành mức thu phí xử lý nước thải. Trong thời gian chờ đợi, chủ đầu tư đã tạm bàn giao cho Trung tâm Khuyến công & Xúc tiến Thương mại - đơn vị cấp 2 trực thuộc Sở Công Thương - quản lý, vận hành, xử lý miễn phí cho các doanh nghiệp kể từ tháng 6/2012. Mặc dù chưa có nhiều kinh nghiệm trong công tác xử lý nước thải, Trung tâm Khuyến công & Xúc tiến Thương mại - đơn vị quản lý, vận hành đã từng bước khắc phục những khó khăn về nhân lực cũng như tài chính để tiếp nhận vận hành và xử lý nước thải nhằm đảm bảo công tác bảo vệ môi trường của CCN Diên Phú theo quy định. Theo số liệu thống kê thực tế, số lượng nước thải mỗi ngày đã xử lý vào khoảng 300m3/ngày.đêm, hàm lượng các chất ô nhiễm có trong nước thải vượt từ 1,3 ÷ 5 lần so với tiêu chuẩn cho phép và giảm đáng kể sau khi qua xử lý tại trạm XLNT tập trung; nước thải sau xử lý đạt tiêu chuẩn chất lượng nước loại A theo đúng báo cáo đánh giá tác động môi trường đã được UBND tỉnh Khánh Hòa phê duyệt , không gây ô nhiễm đến môi trường xung quanh.