Không chỉ giúp các doanh nghiệp thay đổi công nghệ, nâng cao khả năng quản lý, tạo sức cạnh tranh trên thị trường,  Trung tâm còn tập trung hỗ trợ các doanh nghiệp xây dựng hệ thống xử lý nước thải, bảo vệ môi trường. Đây được xem là một trong những hỗ trợ quan trọng để hoạt động sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp mang tính bền vững. Tuy nhiên trong quá trình triển khai các chương trình khuyến công, Trung tâm cũng gặp không ít khó khăn, trở ngại.
 
Theo ông Lê Ngọc – Phó Giám đốc Trung tâm Khuyến công & Xúc tiến Thương mại Khánh Hòa: "Việc tiếp cận nguồn vốn thì nhiều doanh nghiệp với nhiều nguyên nhân khác nhau đã chưa tiếp cận được đầy đủ, trong đó mặt cơ chế chính sách còn nhiều hạn chế. Hạn chế thứ 2 là đội ngũ làm công tác khuyến công của tỉnh đến các huyện thị là không có cán bộ chuyên để mà theo dõi."
 
Cũng chính từ nguyên nhân này mà các cơ sở sản xuất ở địa phương không có cơ hội nắm bắt kịp thời sự hỗ trợ của khuyến công. Đồng thời những khó khăn, vướng mắc của các doanh nghiệp cũng chưa được phản ánh kịp thời đến Trung tâm, điều này dẫn đến các doanh nghiệp gặp rất nhiều trở ngại trong quá trình ản xuất kinh doanh, hầu hết phải tự thân vận động. Việc hỗ trợ giúp các doanh nghiệp tồn tại, phát triển sản xuất kinh doanh lúc này là rất cần thiết. Để đạt được điều này, Trung tầm cần phải thay đổi chương trình hỗ trợ sao cho phù hợp với điều kiện của doanh nghiệp và tình hình kinh tế hiện nay.
 
Ông Lê Ngọc – Phó Giám đốc Khuyến công & Xúc tiến Thương mại Khánh Hòa cho biết: "Tổ chức các hoạt động liên kết giữa các ngành các hiệp hội ngành nghề, trên cơ sở đó hỗ trợ các doanh nghiệp nằm đóng trên địa bàn của tỉnh, trên cơ sở đào tạo nguồn nhân lực, hỗ trợ đầu tư các cơ sở xúc tiến thương mại, quảng bá các doanh nghiệp trên trang web."
 
Theo chương trình khuyến công năm 2013, Trung tâm Khuyến công & Xúc tiến Thương mại Khánh Hòa tập trung hỗ trợ các doanh nghiệp sản xuất hàng thủ công mỹ nghệ; kết nối giữa phát triển du lịch với thúc đẩy sản xuất công nghiệp, tạo điều kiện để mang lại hiệu quả kinh tế cho doanh nghiệp. Những thay đổi mạnh mẽ trong các chương trình hỗ trợ sẽ giúp doanh nghiệp đứng vững, ổn định sản xuất, nâng cao doanh thu và quan trọng nhất là tạo ra công ăn việc làm cho nhiều lao động ở địa phương./.